Bir S şirketinin müdürü işletmeye para ödediğinde, ödemenin kredi olarak kabul edilmesine veya ödenmiş sermayenin ek katkısı olarak sınıflandırılmasına bağlı olarak büyük ölçüde farklı vergi sonuçları ortaya çıkar. S şirketinden anapara kredi geri ödemeleri genellikle anapara gelir olarak değerlendirilmez. Bununla birlikte, ilk ödemenin ödenmiş ek sermaye olduğu düşünülürse, anaparaya yapılan sonraki ödemeler anapara vergilendirilebilecek ve hatta serbest meslek vergilerini de içerebilecek olan temettü dağıtımları veya ücretleri olarak düşünülebilir.
Bir müdürün bir S şirketine ödeme olarak düzgün muamele görmesi için, İç Gelir Servisi veya IRS, S şirketi ile müdür arasında iyi niyetli bir borç sözleşmesi olmasını gerektirir. Böyle bir anlaşma yoksa, kredi IRS tarafından ek ödenmiş sermaye olarak kabul edilebilir. İyi niyetli borç sözleşmesinin unsurları aşağıdakileri içerir:
1) S şirketi ile anapara arasında yazılı bir anlaşma veya senet
2) Krediye yansıtılan makul bir faiz oranı
3) Kredi için bir çeşit teminat
4) Kredi için geri ödeme planı
Bu tespitte yer alan ana tema, bu durumda aynı zamanda bir ilke olan borç verenin, dış borç verenin tüm normal korumalarına sahip olduğu gerçek bir kredi anlaşması yapılmasıdır. Bu tür korumalar yoksa, fonlar "risk altında" kabul edilebilir. Bu, bir işletme girişimi için yapılan diğer yatırım veya katkılarla aynıdır. S şirketi açısından bakıldığında, anaparanın fonlarının alınması, yalnızca gerçek bir borç anlaşması mevcutsa borç olarak sınıflandırılmalıdır. Aksi takdirde, alınan fonlar varsayılan olarak ek ödenmiş sermaye olarak kaydedilmelidir.
S şirketleri akan işletme olduğundan, işletmenin net gelir veya kaybının vergi etkisi, müdürlerin münferit vergi beyannameleri üzerinde muhasebeleştirilir. Müdürler, işyerindeki kişisel stok ve borç bazlarını takip etmekten sorumludur. Şirketlerin doğrudan geçiş zararları, yalnızca her anaparanın sahip olduğu baz miktarına kadar düşülebilir. Öte yandan, S şirketinin temeli aşan gelirleri vergilendirilebilir gelir olarak kabul edilmektedir. Her ne kadar S şirketi, sahiplerinin hisse senedinin ve borç bazının izlenmesinden sorumlu olmasa da, yılsonu finansal tablolarının doğru olması için yine de kredilerden sermaye katkılarını açıkça belirtmelidir. S şirketinin finansal tablolarındaki herhangi bir hata, hisse senedi sahiplerine verilen K-1'lerin yanlış olmasına neden olabilir. Ayrıca S şirketinin yönetimi ile anonim şirkete katkıda bulunan veya borç veren kuruluş arasında açık bir iletişimin olması da hayati önem taşımaktadır.